El manatí antillano es una de las especies en peligro crítico de extinción más amenazadas en Puerto Rico.  Actualmente, su principal causa de muerte se debe al impacto de embarcaciones a alta velocidad, tendencia que casi se ha duplicado en años recientes. Desafortunadamente, persiste y empeora la tendencia de que son más los manatíes que mueren que los que nacen.

Las enfermedades como el Toxiplasmosis, la degradación de la calidad de los ríos, estuarios y aguas costeras, la pérdida de hábitat, la reclasificación desacertada como especie amenazada en vez de en peligro por parte del Servicio de Pesca y Vida Silvestre, el desconocimiento o desinterés, el aumento desenfrenado de embarcaciones de motor, la falta de rotulación, vigilancia y cumplimiento de leyes y reglamentos y la falta de validación sobre la efectividad de los esfuerzos son factores adicionales que contribuyen al exterminio de esta especie.

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